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基础医学院成立于1987年，由中医基础系、中医临床基础系、方剂学系、医史文献学系、人体解剖与组织胚胎学系、生理学与病理学系、病原生物学与免疫学系、生物化学与分子生物学系8个系(21个教研室)科研实验管理中心组成，涵盖中医基础、中西医结合基础和西医基础三个学科群。拥有国家中医药管理局三级科研实验室2个，中央与地方共建实验室9个，四川省高校重点实验室2个。
学院秉承"衷中参西、和而不同"的院训，始终坚持"以人为本"，努力为人才成长营造良好的学术环境。学院现有教职工129人中拥有教授(研究员)27人，副教授30人。其中：国医大师1名、全国名老中医3名、省学术和技术带头人4名，四川省卫生厅学术技术带头人6名，四川省中医药学术技术带头人6名，四川省教学名师1名，博士生导师21人，硕士生导师35人。业已形成一支水平过硬，年龄梯队合理的高素质师资队伍。学院先后涌现了一大批中医理论功底深厚、学术影响深远、医史文哲皆通的中医名家，如：李斯炽、李克光、孔介明、陈潮祖、王廷富、郭仲夫、陈治恒、郑孝昌、邓明仲、郭子光、张之文、张家礼、邓中甲等;同时，还拥有国内外享有盛誉的中西医结合基础专家，如：匡调元、周邦靖、姚鸣春、黄秀凤、骆永珍、李永义、祝彼得、王米渠教授等。
学院不断加强学科建设，中医经典、方剂学及中医心理学等学科在全国中医药领域占有重要地位。现有博士学位授予点6个，硕士学位授予点13个。拥有5个国家中医药管理局重点学科(方剂学、温病学、中西医结合基础、金匮要略、中医养生学)，3个省级重点学科(中西医结合基础、方剂学、中医临床基础)，1个国家级教学团队(方剂学)，1门国家级精品课程(方剂学)、3门省级精品课程(金匮要略、温病学、中医基础理论)。学院现为中华中医药学会方剂学分会、中医基础理论分会、温病与感染病分会等副主任委员单位，四川省中医药学会中医基础理论、方剂学、仲景学说、温病学、医学文献专委会主任委员单位，四川省微生态学会主任委员单位。
学院注重教学改革、科研创新。目前，学院承担教改课题20余项，承担国家"973"计划、"十一五"国家科技重大专项、国家自然科学基础项目等国家级课题60余项，部省级、厅局级及校级科研课题近百项。获教育部自然科学二等奖1项，四川省科技进步一等奖1项，二等奖2项，三等奖4项，中华中医药学会科学技术三等奖1 项。
展望未来，任重道远。基础医学院全院教职员工正以崭新的姿态，坚持科学发展，努力贯彻党的教育方针，与时俱进，开拓创新，为把学院办成特色鲜明、有着厚重传统中医底蕴的基础医学院而努力奋斗。
