南京中医药大学中医药文献研究所是以中医药文献整理研究、中医药文献高级专门人才培养为主要任务的科研实体。研究所是在1958年成立的《中药大辞典》编写组基础上发展而来，曾改名为文献研究室。因学科发展需要，1986年正式成立中医药文献研究所至今。目前研究所下设本草文献研究室、方剂文献研究室、临床文献研究室、现代文献研究室，共有教职工20人。2008年以来，又相继成立民间医药研究所、中医国学研究所、中医流派研究中心，挂靠在中医药文献研究所。
经过50多年的发展，中医药文献研究所培养和造就了一大批中医医史文献学家，如知名的中医药文献学家吴考槃、吴贻谷、彭怀仁、宋立人等教授、研究员。完成了一系列标志性成果，如《中医学概论》《中药大辞典》《诸病源候论校释》《诸病源候论校注》《中医方剂大辞典》和《中华本草》等，获多项国家级和省部级科研成果奖。为社会输送了一大批高级中医药专门人才，研究生的一次性就业率为100%。作为国家教育部重点学科和国家中医药管理局重点学科建设单位主要基地的中医药文献研究所，目前正在开展多项本草、方剂、临床病证、中医古籍、民间医药以及中医流派等方面的科研项目。
